磁力泵的磁损主要表现为金属隔离套处的热量积聚而导致温度的升高，为了消散热量及避免所输送液体在磁转子处汽化，必须要有一定的冷却流量给它降温。另外，由于磁力泵中的轴承为滑动轴承（碳化硅），碳化硅滑动轴承正常工作时需要稳定的液流形成一个液膜，这个液膜的形成需要磁力端提供的合适的温度和压力，因此滑动轴承也需要一定的冷却润滑量。
磁力泵需要一个比较科学的内循环来保证磁力泵的安全平稳的运行，下面介绍几类常规结构的内循环方式：
第一类：高进低出
A：冷却介质由叶轮出口进入，分两路流回低压区。主流冷却介质流经内转子与隔离套间隙、轴心孔回到叶轮入口；另一小部分介质流经滑动轴承经叶轮平衡孔回到低压区。这种循环方式为国内磁力泵内循环的常规循环方式。
B：冷却介质从叶轮出口进入，分两路流回低压区。主流冷却介质流经内转子与隔离套间隙、轴心孔、经叶轮平衡孔回到低压区；另一小部分介质流经滑动轴承，经叶轮平衡孔回到低压区。这种循环方式兼顾效率与介质特性，考虑比较全面，为磁力泵内循环的优选方案。
第二类：高进高出
A：冷却介质从叶轮出口进入，分两路流回高压区。主流冷却介质由轴心孔进入，经内转子辅助叶轮加压，流经内转子与隔离套间隙至叶轮出口；另一小部分介质流经滑动轴承后由平衡口进入叶轮。
B：冷却介质从叶轮出口进入，分两路流回高压区。主流冷却介质从叶轮出口、流经内转子与隔离套间隙，经叶轮背叶片加压输出至叶轮出口；另一小部分介质流经滑动轴承后由叶轮背叶片加压到叶轮出口。
第三类：循环方式
也称为逆循环方式，作为易汽化介质的内循环方案，由于增加了辅助叶轮也使磁力泵的整体效率有所下降。